In einer Mikrobiomanalyse werden die einzelnen Stämme der Darmbakterien durch eine genetische Untersuchung genau differenziert. Dies ermöglicht nicht nur eine quantitative (mengenmäßige) Aussage über die Beschaffenheit der Darmflora, sondern kann die qualitative individuelle Zusammensetzung der Flora genau ermitteln. Daraus leiten sich noch gezieltere Therapieempfehlungen ab.
Über das sektretorische Immunglobulin A (sIgA) wird die Schleimhautimmunität bestimmt, was bei chronischen Infekten eine wichtige Rolle spielt.
Über die Werte Calprotectin, α-1-Antitrypsin und Zonulin wird ermittelt, ob die Schleimhautbarrieren intakt sind oder ob der Darm "porös" geworden ist (Leaky-gut-Syndrom).
Das Leaky-gut-Syndrom findet sich häufig bei chronischen Darmerkrankungen wie Colitis ulcerosa und Morbus Crohn, sowie bei anderen chronisch entzündlichen Erkrankungen (z.B. Hauterkrankungen wie Neurodermitis und Psoriasis oder auch bei rheumatoider Arthritis). Hier dringen entzündliche Komplexe durch den porösen Darm vermehrt in die Blutbahnen ein und können je nach Veranlagung chronische Entzündungsprozesse an anderen Organen fördern.
Helicobacter-Antigene im Stuhl weisen auf das Vorhandensein einer Helicobacter-Infektion hin, die häufig die Ursache für eine chronische Gastritis mit Magenschmerzen und Sodbrennen ist.
Untersuchungen auf Candida, Würmer und Parasiten zeigen infektiöse Ursachen von Darmbeschwerden. In geringem Maße kommen in jeder Darmflora eine gewisse Menge an Pilzen vor. Bei einer aus der Balance geratenen Darmflora (Dysbiose) können Candida-Hefen jedoch Überhand nehmen und zu chronischen Beschwerden führen.
Neben den genannten Werten können viele weitere Stuhlparameter in einem individuellen Profil ergänzt werden.